El propósito central del PATIS radica en llevar a cabo una planificación y ejecución adecuadas de un sistema de transporte regional que responda a las necesidades de movilidad y conectividad diferenciadas de la población. Esto abarca tanto el interior del territorio amazónico como las regiones circundantes. El enfoque se basa en la integración de diversos modos y medios de transporte, que servirán como pilares y motores para las actividades socioeconómicas y culturales en el territorio. Este enfoque se rige por una perspectiva integral de sostenibilidad, que comprende aspectos económicos, socioculturales, ambientales e institucionales, en consonancia con la visión a largo plazo del modelo de sostenibilidad para la Amazonia colombiana.

Con el PATIS, el Gobierno Nacional busca establecer un sistema de transporte regional en la Amazonia colombiana que integre diversos modos y medios de transporte con el fin de mejorar la movilidad y la conectividad de la población. Esto se realiza considerando aspectos económicos, culturales y ambientales. El objetivo fundamental es desarrollar directrices que permitan la planificación de la infraestructura de transporte de manera sostenible y en línea con la visión a largo plazo para la región. Entre los objetivos del PATIS se encuentran garantizar la intermodalidad en la región mediante la integración de distintos modos y medios de transporte, así como reducir los riesgos asociados a desastres naturales, a través de una planificación basada en escenarios de cambio climático y la inversión en infraestructura resiliente.