El Plan Regional contempla para el modo fluvial la construcción de 350 muelles, algunos con estructuras básicas adaptadas a las mareas, destinados al embarque y desembarque de pasajeros y mercancías, mientras que otros estarán diseñados para atender mayor demanda, con un componente de desarrollo urbano que potenciará su integración con el entorno. Así mismo, entre los proyectos estratégicos se encuentra la vía al mar entre Popayán-Guapi, solicitada por las comunidades de la región desde hace más de 100 años. Este corredor, de aproximadamente 265 kilómetros divididos en cuatro tramos, fortalecerá la conexión del Cauca con el litoral, integrando la construcción de nueva infraestructura y mejorando la existente. También se definió, junto con la comunidad y las autoridades municipales, la necesidad de contar con más de 2.200 kilómetros de vías, distribuidas en 65 proyectos a ejecutar:

• 6 red primaria
• 35 red secundaria
• 24 red terciaria

Igualmente se proyecta la construcción de 14 nuevas terminales, tres aeropuertos y cinco aeródromos para mejorar la conectividad de los municipios más remotos, facilitando tanto la conectividad interna dentro de los tres departamentos como la conexión con el centro del país.